Magyarország, Lengyelország, Románia, Szlovákia és Ukrajna találkozási pontja a Kárpátok hegylánca és a Tisza völgye. A régióban tapasztalható nyelvi, vallási, etnikai különbözőségek ellenére számos hasonlóság jellemzi a közösségeket. A közös történelem és földrajz, a hasonló gazdasági fejlődés, és a gazdasági jólétre és integrációra való közös törekvések megteremtik a közös sors felismerését, és egymással történő együttműködésre ösztönöznek.

A Kárpátok Alapítvány története a Kelet-Nyugat Intézet (Institute for East-West Studies) által kezdeményezett helyi és regionális vezetők számára tartott találkozóra nyúlik vissza, melynek központi témája a határokon átívelő együttműködések ösztönzése és támogatása volt a Kárpátok hegyvidékén és a Tisza folyó völgyében. Az 1993-ban tartott találkozón az öt országból érkezett vezetők Magyarországon aláírták a Kárpátok Eurorégió létrehozásáról szóló nyilatkozatot, mely a kormányok közötti együttműködés mechanizmusát teremtette meg. Ez volt az első ilyen jellegű csoportosulás Közép- Kelet Európában. Kormányok közötti együttműködés támogatásának elkezdésével egyre nagyobb igény mutatkozott a Kárpátok Eurorégió szervezete számára egy koordinációs testület felállítására, melynek szerepe a civil szektoron keresztül a lakosság közötti együttműködés támogatása.
 
Miután az IEWS támogatást nyújtott a projekt megtervezésére és világossá vált, hogy van jövője egy helyi emberközeli szervezet kialakítására a régióban, a Charles Stewart Mott Alapítvány több mint 4 millió dollár támogatást ítélt oda 5 éves időtartamra az Alapítvány számára. A Kárpátok Alapítvány végül 1995-ben jött létre, hogy egy működő közösségi alapítványt teremt a Kárpátok hegységben az állampolgári kezdeményezések támogatására a helyi önkormányzatokon és non-profit szervezeteken keresztül. Az ilyen típusú alapítvány fejlesztésének gondolata Kelet-Európában abból a hitből táplálkozik, hogy a demokrácia, a gazdasági fejlődés és a határokon átívelő együttműködés támogatása helyi és regionális szinten egy stabil és demokratikus Európa sarokköve.